香港公司如果要申请AEO（认可经济运营商）认证，可以选择纸质申请或者网上申请，具体的程序如下：
首先是提交申请，申请认证为认可经济营运商的公司须向香港海关提供以下基本文件供海关人员审核：
1、计划的申请表；
2、公司概况【背景及组织简介、主要商业活动、运作程序及安全认证（如有）】；
3、自我评估问卷；
4、供应链的程序图〔范本〕；及
5、有关场所的平面图〔范本〕
申请提交后，香港海关会进行联合评审：
海关人员除了检查文件外，也会按不同需要到香港公司实地拜访，以核实该公司在申请中概述的资料是否准确并已经实施。联合评审是海关与业界的伙伴计划的一部分，让参加计划的公司在海关人员协助下，检讨其保安概况。
评审过程包括核实公司有否因应计划既定的准则执行供应链的保安程序及流程。香港海关会根据风险管理原则评估主要保安措施的可靠度及有效性，而在评审期间，香港海关同时会分享保障供应链的最佳作业方式。
香港海关进行评审前会先通知有关公司，如该公司有需要提交证明文件，也会一并收到通知。此外，海关会根据情况，选取该公司的商业伙伴进行评审。
AEO认证需要的时间：
香港海关会评估公司在符合认证准则方面所达到的水平，并在有需要时就须修正之处提供意见。认证过程需时多久，根据该公司递交至海关的资料的完整性、公司业务运作的复杂程度，以及进行联合评审的场所数目而定。
AEO认证证书的有效期：
获认证为认可经济营运商的本地公司将获颁发证书，认证有效期为三年。
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